如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性?

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/04/27 22:06:34
如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性?

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如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性?
我记得是寻找block,然后分析核酸序列之间的相似度
为了找出序列中的Blocks,可以借助Gibbs抽样法,也就是在多重序列中找出体现序列特性的最低模型,经Gibbs抽样法或EM法等反复抽样分析,得到Blocks,则包含在Blocks的序列已经具有显著性意义.使用macaw软件,1.5'UTR of HCV,BVDV and CSFV这些序列的blocks以及位置在哪里?重要性如何?
答:HCV5'UTR:278-ACTGCCTGATAGGGTGCTTGCGAG-310 重要性:maybe
BVDV5'UTR:214-ACAGCCTGATAGGGTGTAGCAGAG-237
CSFV5'UTR:306-ACGACCTGATAGGGTGCTGCAGAG-329
2.5'UTR of BDV,BVDV and CSFV这些序列的blocks以及位置在哪里?重要性如何?
答:BDV5'UTR:356- TCTGCTGTACATGGCACAT-374 重要性:yes
BVDV5'UTR:262- TCTGCTGTACATGGCACAT-280
CSFV5'UTR:357- TCTGCTGTACATGGCACAT-375

如何从系统发育树或者CLUSTAL比对结果中看出核酸之间的差异性? 如何构建系统发育树 如何制作系统发育树 细菌16s rdna测序后怎么比对和构建系统发育树,老师不管我们了 clustal w 进行多序列比对超500条寻列,该如何比对?利用程序Clustal W比对全部的EST,根据相似性程度,删除冗余的EST.EMBL限制只可以500条比对,我的数据是2000多EST,比对成功后又怎么去剔除? 细菌的系统发育树 相关序列做细菌的系统发育树,如何获得和目的序列相关的序列 系统发育 我要做一个系统树,序列是从NCBI上粘贴下来的,但是word和txt格式无法Clustal比对,有高人能指点一下么?我对NCBI用的也不是很熟,能帮我一下这个的用法就更好了~ 如何往clustal中加入序列 系统发育树分析求解如图所示,为用最大似然法做出来的系统发育树. 在研究微生物的分类时,往往要构建系统发育树,系统发育树上的数字是什么意思? 懂分子生物学系统发育树的进来帮我看看这个系统发育树,帮我分析下,这个系统发育树能反映出的各种关系,同源性什么的, 分子生物学专家进,来帮我分析下系统发育树 clustal特点是什么 物种的准确定义希望从生物分类学和系统发育学的角度作答 用mega做出来了系统发育树,该怎样分析?RT 我用mega 对一系列的序列进行了 发育树的构建..但是 构建过后该怎样对其分析 ,该分析些什么呢?求教. 生物信息学构建分子系统发育树的主要方法有哪些 如何从草木灰或者硝土中提取硝酸钾